1988年欧洲杯结束后,打满了西德队全部4场比赛的科勒尔回到了科隆,变得愈发成熟的他依旧是道姆手下不可或缺的棋子。1988-1989赛季,科隆与拜仁慕尼黑之间的德甲冠军之争一直进行到赛季尾声。联赛倒数第三轮,科隆坐镇主场迎来与拜仁慕尼黑的天王山之战,在比赛开始之前,科隆仅仅落后拜仁慕尼黑2分,但是在这场比赛中科隆1-3完败,坐视南大王将双方之间的积分差距拉大到4分(那时德甲还是两分制)。最终科隆以5分只差收获联赛亚军,科勒尔的职业生涯首冠依旧没有到来。赛季结束之后,拜仁慕尼黑的挖掘机开到了科隆,科勒尔选择了“打不过就加入”,转投拜仁。
加盟拜仁慕尼黑的首个赛季,科勒尔与队长克劳斯-奥根塔勒成为球队中位线上的搭档,他们也帮助南大王在1990年夏天登顶德甲。科勒尔在“投敌”之后的第一年便捧起了德甲冠军沙拉盘,而排名联赛第二的依旧是他的老东家科隆。在欧冠赛场上,拜仁慕尼黑也一路过关斩将,淘汰了格拉斯哥流浪者和埃因霍温等球队,杀进半决赛,挡在他们面前的是老熟人荷兰“三剑客”领衔的AC米兰。首回合在圣西罗,依靠着范巴斯滕的进球,红黑军团艰难的1-0取胜。次回合来到安联球场,拜仁慕尼黑依靠着施特伦茨第58分钟的进球,将比赛拖入了加时赛。加时赛第101分钟,替补出场的博戈诺沃破门帮助AC米兰总比分领先。根据那时的赛制,加时赛的进球也算是客场进球,因此拜仁慕尼黑需要打进两球才能晋级。尽管拜仁的苏格兰球员麦金纳利在第106分钟打入一球,然而最终还是红黑军团笑到了最后,科勒尔和队友们只得饮恨欧冠四强。那场比赛为AC米兰打进关键进球的博戈诺沃,在多年以后不幸患上渐冻人症。AC米兰两次组织义赛为其筹款。可惜的是,虽然与病魔顽强斗争,但博戈诺沃还是在2013年不幸去世,享年49岁。
1990年意大利之夏,贝肯鲍尔再一次将科勒尔选入联邦德国阵中,不过在1988年欧洲杯之后,科勒尔已经不是西德防线上的绝对主力。他的首发位置被老搭档布赫瓦尔德、俱乐部队友克劳斯-奥根塔勒和效力于意甲罗马队的托马斯-贝特霍尔德占据。小组赛,西德队尽管4-1击败南斯拉夫,5-1横扫阿联酋,末轮又1-1战平哥伦比亚,进而昂首头名出线,但是每场比赛都有丢球还是让主帅贝肯鲍尔十分不满。在1/8决赛上,西德队又与老对手荷兰遭遇,于是这一次贝肯鲍尔又将阵型改回了重视防守的532,科勒尔被启用出任三中卫居左的位置,他的搭档则是奥根塔勒和贝特霍尔德。在这届世界杯上,欧洲冠军荷兰队遭遇了严重的内讧影响。范巴斯滕和古利特都对球队主帅本哈克十分不满,球队在小组赛面对英格兰、埃及和爱尔兰更是三战皆平勉强出线。1990年6月24日,这场备受期待的1/8决赛,在米兰圣西罗球场打响。
在比赛开始阶段,西德双前锋克林斯曼和沃勒尔在里杰卡尔德的盯防之下几乎毫无作为。然而在这之后,比赛却出现了转折。上半场第21分钟,里杰卡尔德凶狠的铲抢放倒了沃勒尔,这引起了德国人的不满,在黑天鹅身边喋喋不休。里杰卡尔德难忍怒气,也与沃勒尔对峙理论。目睹了冲突全程的阿根廷主裁判胡安-卡洛斯-洛斯陶向里杰卡尔德出示了黄牌,然而在洛斯陶转身之后,黑天鹅却从身后走近沃勒尔,并向他的头上吐了一口浓痰。被彻底激怒的沃勒尔随即冲到裁判身前投诉,然而由于彼时还没有VAR或是其他视频技术,洛斯陶也并未看到沃勒尔一头卷发上的痰迹,误以为沃勒尔干扰比赛的阿根廷人,反而向沃勒尔出示了一张黄牌。德国前锋见状也并未在过多理论,转身进入禁区,准备争抢这次犯规制造的任意球。
西德后卫布雷默的主罚的任意球,将皮球开到后点,出击的荷兰门将汉斯-范-布鲁克林扑住了这次传球。积极争抢头球的沃勒尔为了躲开出击的门将,不小心摔倒在了禁区之内。这一颇似假摔的举动,再一次激起了里杰卡尔德的不满。黑天鹅冲到垃圾话不断的沃勒尔身前,俯身训斥对手,沃勒尔则佯装再次被吐痰,掩面倒地。在沃勒尔起身之后,克林斯曼和罗纳德-科曼试图拉开冲突的两人,沃勒尔又一次假装被攻击,摔倒在地。此时再也看不下去闹剧的阿根廷裁判洛斯陶,向双方各自出示了一张红牌平息事端。下半场比赛中,被前提到后腰位置的布赫瓦尔德先后助攻队友克林斯曼和布雷默破门,西德2-0击败荷兰晋级八强。本场比赛,范巴斯滕被科勒尔彻底盯死,比赛结束后科勒尔却并没有像当年科曼那样得意忘形,而是非常绅士地安慰了曾让自己难堪的圣马尔科。
对阵荷兰时的出色表现,帮助科勒尔锁定了自己在贝肯鲍尔心中的地位,随后对阵捷克斯洛伐克的1/4决赛,贝肯鲍尔将阵型恢复为布雷默作为自由人的442阵型,科勒尔依旧首发出战。依靠着克林斯曼制造的点球,马特乌斯一蹴而就帮助西德队一球小胜,晋级四强。半决赛对阵另一支宿敌英格兰,科勒尔再一次获得首发出场机会,球队的阵型变回了对阵荷兰时的532。上半场比赛,两队互交白卷。下半场比赛第60分钟,西德队获得禁区前右侧任意球机会。队友一拨,布雷默重炮轰门,射门打中英格兰球员腿部后变线,皮球被反弹出一道诡异的高抛物线,飞进希尔顿把守的英格兰球门,布雷默帮助西德队取得了比分领先。20分钟后,莱因克尔为三狮军团扳平比分,两队90分钟常规赛打平,加时赛也无进球,被迫进入点球大战。点球大战中,西德4人全中,英格兰5人3中,皮尔斯和瓦德尔未能命中,最终总比分5-4,西德队淘汰了英格兰闯进了世界杯决赛。
这边西德队气势如虹连战连捷,那边阿根廷却跌跌撞撞损兵折将进入决赛。意大利之夏的最终决战,变成了1986年世界杯决赛的重演。不过这时的阿根廷却损失了卡尼吉亚等四名主力,实力严重受损。但面对着马拉多纳和布鲁查加领衔的阿根廷攻击线,贝肯鲍尔还是排出了532的保守阵型,科勒尔搭档布赫瓦尔德和奥根塔勒出任球队三中卫。比赛中科勒尔表现出色,彻底冻结住了阿根廷的助攻,马拉多纳完全威胁不到伊尔格纳把守的球门。下半场沃勒尔在禁区内赢得点球,国米飞翼布雷默怒射破门,西德1-0击败阿根廷,捧起大力神杯完成复仇。科勒尔也成为了世界冠军中卫,他出众的防守能力,也为他赢得了“世界最佳盯人中卫”的美誉。
载誉归国之后,遭遇了严重进攻问题的拜仁慕尼黑在1990-1991赛季的34轮德甲联赛中,仅仅打进了45粒进球。他们也将联赛冠军拱手相让给了凯泽斯劳滕,遗憾获得联赛亚军。在德国杯上,拜仁慕尼黑首轮便被低级别联赛魏因海姆淘汰,欧冠赛场上拜仁则又一次止步半决赛,这一次他们败给了米哈伊洛维奇、普罗辛内斯基领衔的贝尔格莱德红星。还好在德国超级杯上,球队4-1大胜凯泽斯劳滕,不至于四大皆空。在赛季结束之后,老大哥奥根塔勒退役,科勒尔则接受了意甲豪门尤文图斯的邀请,前往“小世界杯”继续磨炼自己。